COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-14 17:00:00 4.342564 4.342564 3.447002
2021-07-13 17:00:00 3.435226 3.435226 3.317743
2021-07-12 17:00:00 3.948070 3.948070 3.200993
2021-07-11 17:00:00 3.542415 3.542415 3.074852
2021-07-10 17:00:00 2.918552 2.918552 2.935725
2021-07-09 17:00:00 2.829401 2.829401 2.797858
2021-07-08 17:00:00 3.126682 3.126682 2.667988

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-14 17:00:00 3.296703 3.296703 2.681176
2021-07-13 17:00:00 2.718287 2.718287 2.702539
2021-07-12 17:00:00 0.000000 2.926829 2.716023
2021-07-11 17:00:00 1.574307 1.574307 2.652467
2021-07-10 17:00:00 1.812367 1.812367 2.645627
2021-07-09 17:00:00 2.846975 2.846975 2.601317
2021-07-08 17:00:00 5.163330 5.163330 2.589250

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-14 17:00:00 4.950495 4.950495 3.041826
2021-07-13 17:00:00 1.282051 1.282051 3.133061
2021-07-12 17:00:00 0.000000 0.000000 3.068092
2021-07-11 17:00:00 4.065041 2.415459 3.096336
2021-07-10 17:00:00 4.000000 4.000000 3.218644
2021-07-09 17:00:00 2.880658 2.880658 3.176615
2021-07-08 17:00:00 6.048387 6.048387 3.352657

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-14 17:00:00 2.779156 2.779156 2.268483
2021-07-13 17:00:00 2.243270 2.243270 2.206344
2021-07-12 17:00:00 1.664533 0.720621 2.118545
2021-07-11 17:00:00 4.268775 4.268775 2.069005
2021-07-10 17:00:00 1.019758 1.019758 2.091071
2021-07-09 17:00:00 2.683063 2.683063 2.013217
2021-07-08 17:00:00 2.968664 2.968664 1.956552

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-14 17:00:00 8.389112 8.389112 7.471252
2021-07-13 17:00:00 4.194941 4.194941 7.444977
2021-07-12 17:00:00 8.185053 8.185053 7.330519
2021-07-11 17:00:00 5.701754 8.013276 7.283780
2021-07-10 17:00:00 7.639142 7.639142 7.269691
2021-07-09 17:00:00 9.572215 9.572215 7.188136
2021-07-08 17:00:00 7.681366 7.681366 7.044008

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-14 17:00:00 6.324324 8.342246 6.920780
2021-07-13 17:00:00 4.782882 4.782882 6.606861
2021-07-12 17:00:00 14.285714 8.413547 6.392261
2021-07-11 17:00:00 7.724252 7.724252 6.204611
2021-07-10 17:00:00 7.328244 7.328244 5.997903
2021-07-09 17:00:00 6.966925 6.966925 5.792087
2021-07-08 17:00:00 6.791908 6.791908 5.578296

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-14 17:00:00 3.281250 1.406250 1.778758
2021-07-13 17:00:00 1.240695 1.240695 1.798188
2021-07-12 17:00:00 5.821918 5.821918 1.798964
2021-07-11 17:00:00 0.657895 0.657895 1.818590
2021-07-10 17:00:00 1.832461 1.832461 1.820847
2021-07-09 17:00:00 0.463594 2.125000 1.870476
2021-07-08 17:00:00 2.831595 2.831595 1.894543

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-14 17:00:00 5.990783 7.645653 5.887888
2021-07-13 17:00:00 5.502154 5.502154 5.589366
2021-07-12 17:00:00 7.547170 7.547170 5.355061
2021-07-11 17:00:00 6.278714 6.278714 5.060701
2021-07-10 17:00:00 6.738132 6.738132 4.767220
2021-07-09 17:00:00 3.737542 3.737542 4.493448
2021-07-08 17:00:00 4.444444 4.444444 4.216349

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-14 17:00:00 2.534854 1.425856 1.334369
2021-07-13 17:00:00 1.581278 1.581278 1.276337
2021-07-12 17:00:00 1.090909 0.614544 1.224080
2021-07-11 17:00:00 2.042419 2.042419 1.179403
2021-07-10 17:00:00 1.300650 1.300650 1.107065
2021-07-09 17:00:00 1.228324 1.228324 1.054292
2021-07-08 17:00:00 1.035599 1.035599 1.001763

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-14 17:00:00 4.700090 2.489928 2.197946
2021-07-13 17:00:00 3.135571 3.135571 2.087440
2021-07-12 17:00:00 1.504355 1.504355 1.942074
2021-07-11 17:00:00 2.981159 2.981159 1.831746
2021-07-10 17:00:00 2.003127 2.003127 1.733525
2021-07-09 17:00:00 1.915390 1.915390 1.628266
2021-07-08 17:00:00 1.995915 1.995915 1.531775

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-14 17:00:00 4.109589 4.109589 3.200096
2021-07-13 17:00:00 1.674641 1.674641 3.285279
2021-07-12 17:00:00 2.506964 2.506964 3.183682
2021-07-11 17:00:00 3.516682 3.516682 3.215408
2021-07-10 17:00:00 2.793296 2.793296 3.243703
2021-07-09 17:00:00 2.122905 2.122905 3.247670
2021-07-08 17:00:00 5.172414 5.172414 3.313676

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-14 17:00:00 2.020202 1.544402 0.897528
2021-07-13 17:00:00 0.000000 0.000000 0.823774
2021-07-12 17:00:00 0.854701 0.854701 0.771581
2021-07-11 17:00:00 2.023121 2.023121 0.727963
2021-07-10 17:00:00 0.000000 0.000000 0.667075
2021-07-09 17:00:00 2.427184 0.242718 0.586339
2021-07-08 17:00:00 1.226994 0.306748 0.536013

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-14 17:00:00 9.090909 9.090909 5.817138
2021-07-13 17:00:00 8.612440 8.612440 5.667320
2021-07-12 17:00:00 0.000000 0.000000 5.472480
2021-07-11 17:00:00 3.437500 3.437500 5.320955
2021-07-10 17:00:00 inf NaN 5.082529
2021-07-09 17:00:00 9.677419 9.677419 4.903056
2021-07-08 17:00:00 2.551020 2.551020 4.593876

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-14 17:00:00 4.395604 0.915751 0.877109
2021-07-13 17:00:00 2.087683 0.835073 0.839531
2021-07-12 17:00:00 1.666667 0.422833 0.784914
2021-07-11 17:00:00 1.379310 1.379310 0.782428
2021-07-10 17:00:00 0.964187 1.365854 0.755213
2021-07-09 17:00:00 0.523560 0.523560 0.752840
2021-07-08 17:00:00 0.720721 0.720721 0.745163

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-14 17:00:00 1.758058 0.858100 1.060058
2021-07-13 17:00:00 1.360021 1.360021 1.045382
2021-07-12 17:00:00 1.080737 1.080737 1.029781
2021-07-11 17:00:00 1.365485 1.365485 1.020862
2021-07-10 17:00:00 0.630734 0.630734 1.005349
2021-07-09 17:00:00 1.006289 1.006289 0.957770
2021-07-08 17:00:00 1.659423 1.659423 0.916000

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-14 17:00:00 2.851588 2.851588 2.614835
2021-07-13 17:00:00 6.680441 3.030303 2.720527
2021-07-12 17:00:00 1.493711 1.493711 2.795963
2021-07-11 17:00:00 5.657238 2.461984 2.880142
2021-07-10 17:00:00 2.192513 2.192513 2.909257
2021-07-09 17:00:00 2.318230 2.318230 2.938651
2021-07-08 17:00:00 4.364184 4.364184 2.985235

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-14 17:00:00 6.198347 2.341598 2.659305
2021-07-13 17:00:00 4.244817 4.244817 2.538333
2021-07-12 17:00:00 7.738998 2.730193 2.378371
2021-07-11 17:00:00 3.532609 3.532609 2.282312
2021-07-10 17:00:00 2.006533 2.006533 2.095953
2021-07-09 17:00:00 2.472128 2.472128 1.948105
2021-07-08 17:00:00 1.637427 1.637427 1.785487

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-14 17:00:00 5.933251 3.862794 4.571242
2021-07-13 17:00:00 3.841060 3.841060 4.506254
2021-07-12 17:00:00 6.004804 6.004804 4.414152
2021-07-11 17:00:00 5.884244 5.884244 4.310907
2021-07-10 17:00:00 4.617605 4.617605 4.220251
2021-07-09 17:00:00 5.784173 5.784173 4.119445
2021-07-08 17:00:00 4.547342 4.547342 3.990075

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-14 17:00:00 1.837860 1.837860 1.684520
2021-07-13 17:00:00 1.625000 1.625000 1.660763
2021-07-12 17:00:00 3.565640 1.550570 1.615482
2021-07-11 17:00:00 1.866152 1.866152 1.578405
2021-07-10 17:00:00 1.485149 1.485149 1.541646
2021-07-09 17:00:00 1.889500 1.889500 1.509517
2021-07-08 17:00:00 2.147099 2.147099 1.465359

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-14 17:00:00 2.459016 3.444317 2.500496
2021-07-13 17:00:00 2.976190 2.976190 2.325856
2021-07-12 17:00:00 2.564103 0.918485 2.272306
2021-07-11 17:00:00 1.477833 1.477833 2.242300
2021-07-10 17:00:00 3.744493 3.744493 2.156725
2021-07-09 17:00:00 3.117506 3.117506 2.088966
2021-07-08 17:00:00 2.663438 2.663438 1.977646

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-14 17:00:00 0.000000 0.000000 0.189255
2021-07-13 17:00:00 0.632911 0.632911 0.176418
2021-07-12 17:00:00 0.000000 0.000000 0.175209
2021-07-11 17:00:00 1.081081 0.000000 0.165889
2021-07-10 17:00:00 0.000000 0.000000 0.246707
2021-07-09 17:00:00 0.763359 0.000000 0.259229
2021-07-08 17:00:00 2.409639 0.602410 0.320608

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-14 17:00:00 5.437500 5.437500 4.194612
2021-07-13 17:00:00 6.082375 2.993295 4.105013
2021-07-12 17:00:00 5.814843 5.814843 4.053012
2021-07-11 17:00:00 4.382889 4.382889 3.960469
2021-07-10 17:00:00 4.467843 4.467843 3.887355
2021-07-09 17:00:00 3.141672 3.141672 3.811567
2021-07-08 17:00:00 2.750092 2.750092 3.703075

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 3.296703 3.296703 2.681176
Basilicata 4.950495 4.950495 3.041826
Calabria 2.779156 2.779156 2.268483
Campania 8.389112 8.389112 7.471252
Emilia-Romagna 6.324324 8.342246 6.920780
Friuli Venezia Giulia 3.281250 1.406250 1.778758
Lazio 5.990783 7.645653 5.887888
Liguria 2.534854 1.425856 1.334369
Lombardia 4.700090 2.489928 2.197946
Marche 4.109589 4.109589 3.200096
Molise 2.020202 1.544402 0.897528
P.A. Bolzano 9.090909 9.090909 5.817138
P.A. Trento 4.395604 0.915751 0.877109
Piemonte 1.758058 0.858100 1.060058
Puglia 2.851588 2.851588 2.614835
Sardegna 6.198347 2.341598 2.659305
Sicilia 5.933251 3.862794 4.571242
Toscana 1.837860 1.837860 1.684520
Umbria 2.459016 3.444317 2.500496
Valle d'Aosta 0.000000 0.000000 0.189255
Veneto 5.437500 5.437500 4.194612

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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